Моделирование связывания порфиринов сS-белком SARS-CoV-2

Здравствуйте! В случае протопорфирина IX за связывание отвечают периферийные заместители — карбоксильные группы, которые образуют водородные связи. В случае вертепорфина – это также периферийные кислородсодержащие заместители. Водорастворимые порфирины (PorAm и TyrSP) содержат протяженные периферийные заместители, что позволяет указанным порфиринам осуществлять многоцентровое связывание двух (PorAm) и трех (TyrSP) субъединиц белка SARS-CoV-2 (TyrSP). Все представленные в работе порфирины связываются в области далекой от рецептор-связывающего домена (отвечающего за взаимодействие с АСЕ 2 (рецептором) клеток хозяина). Поэтому все изученные порфирины, вероятно, будут ингибировать процесс слияния мембран вируса и клетки хозяина. Мы стремимся создать МГЦ, который будет связываться с рецептор-связывающим доменом (RBD) белка SARS-CoV-2. Причем нужно найти золотую середину между высокой аффинностью и фотодинамической активностью.
К Вашему вопросу о лучшем связывании: конечно, прочные комплексы будут определять селективность связывания МГЦ с конкретной областью белка, что хорошо. С другой стороны, наличие специфических взаимодействий (пи-пи- взаимодействий, Н-связывания), лежащих в основе высокой аффинности, повышает вероятность диссипации энергии триплетного состояния (нужного для генерации синглетного кислорода), что плохо, т.к. снижает фотоэффективность.
Поэтому для ингибирования важно высоко аффинное связывание, для фотоинактивации — локализация и наличие в ближайшем окружении МГЦ уязвимых аминокислотных остатков.

Выборка по порфиринам, представленным в данной работе небольшая, но мы уже добились дизайна МГЦ, связывающегося с RBD белка SARS-CoV-2. Готовим публикацию.